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2020-08
【一】《宏基因組學(xué)測序技術(shù)在中重癥感染中的臨床應(yīng)用專家共識
--2020年5月中華危重病急救醫(yī)學(xué)發(fā)布第一版
1. 檢測與質(zhì)控
1.1 檢測設(shè)施設(shè)備控制
1.2 檢測實(shí)驗(yàn)控制
1.3 測序結(jié)果的實(shí)驗(yàn)室判讀控制
1.4 數(shù)據(jù)庫建設(shè)
2. 規(guī)則及應(yīng)用
2.1 不同病原體檢測方法的特點(diǎn)
2.2 mNGS報告解讀規(guī)則
2.3 陰性結(jié)果的解讀
2.4 陽性結(jié)果的解讀
2.5 常見微生物檢測結(jié)果與臨床檢測結(jié)果不一致的處理
2.6 非體內(nèi)正常定植菌在非感染部位出現(xiàn)視為病原體
2.7mRNA在區(qū)別背景微生物、病毒以及快速分裂期的微生物的診斷價值
2.8 延遲陽性
2.9 物種差異判讀（病毒、真菌、細(xì)菌、寄生蟲）
2.10 罕見病原體的陽性價值
2.11 污染與定植
3. mNGS技術(shù)展望
3.1 耐藥和突變的鑒定
3.2 mtNGS
3.3 檢驗(yàn)設(shè)備標(biāo)準(zhǔn)缺失，多種因素對結(jié)果解讀的影響
3.4 mNGS時長的優(yōu)化
3.5 臨床數(shù)據(jù)和微生物基線
3.6 mNGS病原體鑒定在臨床應(yīng)用中存在的急需解決的問題
3.6.1 產(chǎn)品本身的標(biāo)準(zhǔn)化和規(guī)范化
3.6.2 數(shù)據(jù)庫的完整性和準(zhǔn)確性
3.6.3 算法的準(zhǔn)確性和快速化
【二】宏基因組分析和診斷技術(shù)在急危重癥感染應(yīng)用的專家共識
--2019年2月中華急診醫(yī)學(xué)雜志發(fā)布
1. mNGS分析和診斷技術(shù)是急危重癥感染快速、精準(zhǔn)診療的發(fā)展方向
2. mNGS在急危重癥感染患者應(yīng)用的適應(yīng)證
3. mNGS檢測的基本流程和質(zhì)量控制
3.1 實(shí)驗(yàn)流程
3.2 生物信息分析
3.3 檢測報告內(nèi)容
3.4 mNGS檢測報告和臨床解讀常用的概念
4. 臨床應(yīng)用和結(jié)果解讀原則
5. mNGS在急危重癥感染性疾病應(yīng)用中尚存在的問題
【三】兒童呼吸道感染微生物檢驗(yàn)標(biāo)本采集轉(zhuǎn)運(yùn)與檢測建議（細(xì)菌篇）
7 其他檢測方法
7.4 高通量的宏基因組測序 全基因組測序是對感染性疾病病原體的大規(guī)模核酸分析，可提供極為豐富的信息，對于未知病原體的發(fā)現(xiàn)具有不可比擬的優(yōu)勢，是分子生物學(xué)診斷的研究熱點(diǎn)。
【四】兒童呼吸道感染微生物檢驗(yàn)標(biāo)本采集轉(zhuǎn)運(yùn)與檢測建議（病毒篇）
3 實(shí)驗(yàn)室檢測方法
3.1.3 核酸檢測
相對于常規(guī)核酸檢測，Sanger測序技術(shù)、焦磷酸測序技術(shù)和二代測序技術(shù)等可得到病原體的基因序列，最快可在 5～6 h 獲得病毒的整個基因組序列，從而為病毒感染的診斷提供更多的信息。二代測序技術(shù)不但在高通量方面表現(xiàn)出優(yōu)勢，而且在發(fā)現(xiàn)新病原方面也有突破性進(jìn)展，但目前二代測序的結(jié)果還需要驗(yàn)證，不能直接用于臨床診斷，且費(fèi)用較高，要廣泛應(yīng)用尚待時日。
【五】終末期肝病合并感染診治專家共識
4 ESLD 合并感染的診斷
4.5病原微生物檢測、培養(yǎng)與鑒定
二代測序方法從組織、拭子、抽吸物中提取 DNA 進(jìn)行分析，可篩查鑒別多種細(xì)菌，快速獲取病原學(xué)診斷。
推薦意見 4: ( 1) ESLD 合并感染的診斷需綜合評估高危因素、癥狀和體征、實(shí)驗(yàn)室檢查、影像學(xué)檢查以及病原學(xué)檢測做出診斷，及時送檢各種組織、體液、血液等標(biāo)本是診斷的重點(diǎn)。
【六】中國成人醫(yī)院獲得性肺炎與呼吸機(jī)相關(guān)性肺炎診斷和治療指南 (2018年版)
（四）實(shí)驗(yàn)室技術(shù)在診療中的應(yīng)用價值
高通量測序等分子生物學(xué)技術(shù)：基于測序技術(shù)的臨床宏基因組學(xué)，通過分析臨床標(biāo)本中微生物的DNA或RNA含量與豐度判斷致病菌，顯著提高了病原檢測的敏感度，縮短了檢測時間，對罕見病原菌感染的診斷具有優(yōu)勢，可審慎地用于現(xiàn)有成熟檢測技術(shù)不能確定的病原體，或經(jīng)恰當(dāng)與規(guī)范抗感染治療無效的患者，但檢測結(jié)果需結(jié)合流行病學(xué)和臨床特征綜合評估是否為致病菌。但該技術(shù)應(yīng)用于臨床尚需解決許多問題，包括標(biāo)本中人類基因組的干擾生物信息學(xué)分析、結(jié)果判斷和解釋等，特別是呼吸道本身為非無菌狀態(tài)，量定植菌核酸的存在給臨床結(jié)果的判讀帶來了挑戰(zhàn)。
病原體診斷新利器
病原微生物宏基因組檢測（mNGS）
是指基于宏基因組新一代測序技術(shù) (metagenomics nextgeneration sequencing, mNGS) 不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng)，直接對臨床樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序，然后與數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析，根據(jù)比對到的序列信息來判斷樣本包含的病原微生物種類，能夠快速、客觀地檢測臨床樣本中的較多病原微生物（包括病毒、細(xì)菌、真菌、支原體/衣原體、寄生蟲），且無需特異性擴(kuò)增 ，尤其適用于急危重癥和疑難感染的診斷。
自 2008 年成功應(yīng)用于臨床診斷新發(fā)病原體感染以來 ，目前 mNGS 技術(shù)已經(jīng)逐步用于臨床疑難感染診斷，如華山醫(yī)院張文宏團(tuán)隊(duì)用 mNGS 協(xié)助確診豬皰疹病毒的跨物種傳播，并給予針對性治療使患者痊愈，深圳市第三人民醫(yī)院用 mNGS 確診了一例罕見阿米巴腦炎。
mNGS檢測流程
mNGS適應(yīng)癥
根據(jù)目前的臨床經(jīng)驗(yàn)、研究結(jié)果和mNGS 技術(shù)的優(yōu)勢，推薦 mNGS 在急危重癥感染患者中應(yīng)用的主要適應(yīng)證 ：
①病情危重需要盡快明確病原體 ；
②特殊病患者如免疫抑制宿主、合并基礎(chǔ)疾病、反復(fù)住院的重癥感染患者需要盡快明確病原體 ；
③傳統(tǒng)微生物檢測技術(shù)反復(fù)陰性且治療效果不佳 ；
④疑似新發(fā)病原體、臨床上提示可能有一定的傳染性 ；
⑤疑似特殊病原體感染 ；
⑥長期發(fā)熱和（/ 或）伴有其他臨床癥狀、病因不明的感染。
符合以上適應(yīng)證的患者，應(yīng)盡快送標(biāo)本進(jìn)行檢測。
展望：
mNGS 作為一種全面的直接檢測方法，對感染樣本直接進(jìn)行高通量測序，通過病原微生物專用數(shù)據(jù)庫比對和智能化分析，獲得疑似感染病原微生物的信息，并提供全面深入的報告，可以為急危重癥感染患者提供快速精準(zhǔn)的診斷依據(jù)，從而精準(zhǔn)地抗感染治療。
雖然目前的經(jīng)濟(jì)成本使 mNGS 不太可能在短期內(nèi)成為臨床一線檢測手段，但在疑難雜癥、危重癥、免疫缺陷等特殊人群中仍具有成為病原體診斷準(zhǔn)一線檢測手段的潛力，是一種非常有效的廣譜病原體篩查方法。此外，mNGS 與傳統(tǒng)的分子、血清學(xué)檢測等方法在感染診斷的檢 測中聯(lián)合使用可發(fā)揮關(guān)鍵作用。
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